Une EIRL (entreprise individuelle à responsabilité limitée) doit tout d’abord émettre des factures en indiquant sa spécificité juridique (EIRL).

Les obligations comptables des EIRL varient en fonction du type d’entreprise individuelle qui a opté pour l’EIRL et oblige à distinguer :
 La comptabilité des auto-entrepreneurs et micro-entreprises (comptabilité AERL) qui bénéficient d’une comptabilité simplifiée. Les AERL conservent donc leurs obligations comptables simplifiées et actualisent chaque année leur déclaration d’affectation.
 La comptabilité des EIRL qui doivent respecter les règles des BIC (commerçants et artisans).
 Les professions libérales en EIRL. En effet, les règles comptables des BNC s’appliquent pour la comptabilité de toutes les professions libérales mais les règles des BIC s’appliquent pour toutes les EIRL. Il existe donc une contradiction comptable entre BIC et BNC à gérer par les professions libérales qui décident de créer une EIRL.
 Les EIRL qui optent pour l’IS (impôt sur les sociétés) et doivent donc répondre à des obligations déclaratives spécifiques.

Enfin, il faut rappeler l’obligation pour les EIRL de déposer leurs comptes annuels, ce qui constitue un inconvénient majeur lorsque cette comptabilité permet de donner des informations stratégiques à ses concurrents (marge commerciale réalisée, rémunération du personnel, de sous-traitants...).