L’un des objectifs de la création de l’EIRL est de permettre à l’exploitant d’une entreprise individuelle le choix offert au gérant d’EURL entre deux régimes fiscaux :
 le régime fiscal de l’impôt sur le revenu (IR), régime actuel des entreprises individuelles,
 le régime fiscal de l’impôt sur les sociétés (IS), régime optionnel pour les EURL.

Certes, toutes les EIRL ne peuvent pas opter pour l’IS. En effet, la fiscalité des EIRL créées par les auto-entrepreneurs et les micro-entrepreneurs (AERL) bénéficient d’obligations fiscales simplifiées (voir rubrique AERL).

En revanche, les commerçants, artisans et professions libérales en EIRL ont la possibilité d’opter pour l’impôt sur les sociétés (IS).
La fiscalité d’une EIRL dépend donc de l’option éventuelle de l’entrepreneur individuel à responsabilité limitée pour l’impôt sur les sociétés.
Dans le cas de cette option, c’est l’EIRL qui est soumise à l’IS et l’entrepreneur individuel à responsabilité limitée est quant à lui soumis à l’impôt sur le revenu sur sa rémunération et ses dividendes. Or l’impôt sur les sociétés peut constituer un avantage fiscal pour l’entrepreneur en EIRL. En effet, les dividendes sont peu soumis aux cotisations sociales et permettent de limiter la rémunération de l’entrepreneur soumise aux cotisations des travailleurs non salariés (TNS).